El partido ha impugnado la decisión tomada en primarias que otorgaba la Secretaría General a Eva Martínez al haber encontrado irregularidades en el proceso. Ahora, una gestora se encarga de la Secretaría General y el Consejo Ciudadano.
El pasado mes de junio se celebró un proceso de primarias en Podemos Leganés al cual incurrieron dos candidaturas. Una de ellas liderada por Gustavo Guzmán y apoyada por Ramón Espinar; la otra, liderada por Eva Martínez y apoyada por Íñigo Errejón. El proceso comenzó tenso con la negativa de la corriente de Guzmán a reconocer la candidatura rival por considerarla ajena al partido: «es la número 2 de una candidatura de unidad popular [Leganemos] que no está reconocida por Podemos», alegaba.
La tensión se trasladó también al proceso de primarias. El rechazo a la candidatura de Eva Martínez no evitó que fuera la elegida, algo que desde el primer momento impugnaron sus rivales. Pero el proceso fue más allá, ambas corrientes denunciaron irregularidades en las votaciones. Mientras que la corriente de Espinar apunta a suplantaciones de identidad, la de Errejón destaca la falta de interventores en el proceso de recuento.
La investigación del proceso de las primarias dentro de Podemos Leganés es una buena noticia porque, como ya impugnamos por las irregularidades durante el proceso hasta en 5 ocasiones y también una denuncia ante Garantías Autonómico pendiente desde junio, además no pudimos tener interventores en el proceso de recuento por lo que queremos poner luz a todo el proceso.
Eva Martínez, ex secretaria general de Podemos Leganés
Investigación de un delito de suplantación
Según El Mundo, durante la auditoría habitual la SOE y el Área de Legal de Podemos investigaron y concluyeron que hubo «votos fraudulentos de personas que nunca estuvieron inscritos en Podemos, pero alguien los inscribió y votó por ellos a través de la compra de tarjetas SIM y usando su nombre, DNI y dirección, lo que supondría una suplantación de identidad».
 
Ahora, hasta determinar qué fue lo que ocurrió y quiénes fueron los responsables que pudieron incurrir en un delito de suplantación de identidad, Podemos ha puesto su formación en Leganés en manos de una gestora.
De este modo se decidió la creación de un equipo técnico que se encargará de velar por la integridad de la opción que representa Podemos para Leganés, gestionando el partido para poner en valor su integridad y para prepararlo de cara a las elecciones municipales de 2019, hasta la celebración de una nueva Asamblea Ciudadana.
Asegura la directiva de Podemos Comunidad de Madrid.